GeXpert: Proyecto Desarrollo de Software de Biotecnología

Pantalla de Carga de GeXpert (español)

Proyecto de desarrollo de software open source de biotecnología para el apoyo de investigaciones científicas centradas en el descubrimiento y reconstrucción de vías metabólicas en el código genético de organismos ya secuenciados: GeXpert. Este proyecto fue presentado por primera vez en el marco de la XIV Feria de Software durante el 20 y 21 de Octubre del 2005 en Valparaíso, Chile.

Su primera prueba con datos reales fue realizada sobre la Burkholderia Xenovarans o LB400, que fueron proporcionados y validados por el Laboratorio de Microbiología Molecular y Biotecnología Ambiental de la UTFSM.

Fue implementado con tecnologías basadas en Java/JEE (extendiendo el RCP de Eclipse con diseño centrado en el usuario), con uso de librerías asociadas a: mapeo 2D/3D, reportes, parsing, biotecnología (BLAST, KEGG y NCBI) y con el motor de base de base de datos objetual (Ozone), a cargo de un equipo de 4 desarrolladores a medio tiempo. Liberado bajo licencia BSD, permitiendo realizar memorias de pregrado, publicaciones (nacionales e internacionales), presentaciones en conferencias y desarrollo de proyectos de investigación asociada.

GeXpert Splash Screen (english)

GeXpert fue presentado bajo el marco académico del plan de cuarto año de Ingeniería Civil Informática del Departamento de Informática, de la Universidad Técnica Federico Santa María. Este proceso dura un año académico (2 semestres), con un tiempo calendario aproximado de 8 meses. En esta instancia se crea una pre-empresa de desarrollo de un proyecto de desarrollo de software con un cliente real, el cual es sometido a una evaluación de un jurado y a una serie de exigencias y cumplimiento de hitos (entregables) a través de ambos semestres, culminando con la exposición abierta al público durante el evento llamado Feria de Software..

Datos Técnicos:

• Duración: 8 meses (Marzo a Octubre 2005).
• Tamaño Código: 23,5 KLOC.
• Desarrolladores: 4.
• Felipe Calderón Baeza.
• Diego Candel Contardo.
• Freddy Muñoz Ramírez.
• Jorge Avarias Alfaro.

Pre-Empresa: CellCore Soft.
Sitio Web Lanzamiento: http://www.feriadesoftware.cl/~cellcore (sitio web no vigente).


Fotos:

• Evento: Stand, Póster 1, Póster 2,  Pendón e Íconos (agradecimientos a Ximena Contreras alias Ginny-N).

Reconocimientos:

• Primer lugar en evaluación de jurados, Licitación de Proyectos XIV Feria de Software (2005), UTFSM, (Valparaíso y Santiago).
• Segundo lugar categoría "Ciencia y tecnología" en la XIV Feria de Software (2005), UTFSM (Valparaíso y Santiago). 

Documentos:

• Presentación de GeXpert en Licitación de Proyectos de Feria de Software [Ppt].
• Guía de Instalación (v0.5 - English) [Pdf].
• EMF [Zip].
• GEF [Zip].
• Lib [Zip].
• Three_directory [Zip].
• Manual de Usuario de GeXpert (v0.2.1RC4) [Pdf].

Repositorios:

1. SourceForge: http://sourceforge.net/projects/gexpert/
2. Ohloh Code: http://code.ohloh.net/project?pid=KBW3BeoVOfA&did=cl.gexpert.gui&cid=vK9To9fvEaA&fp=332906&mp,=1&ml=1&me=1&md=1&filterChecked=true&projSelected=true&filterChecked
3. OssTrans: http://spanish.osstrans.net/software/gexpert.html
4. DownloadV: http://es.downloadv.com/download-GeXpert-590007.htm

Papers y Conferencias:

1. Arredondo, T., Ormazabal, W., Candel, D., y Creixell, W., "Meta-learning based Optimization of Metabolic Pathway Data-Mining Inference System", Modern Approaches in Applied Intelligence. Lecture Notes in Computer Science, Vol. 6704. Springer-Verlag, Berlín, Alemania (2011) p. 183-192. [DOI:10.1007/978-3-642-21827-9_19]. Paper Conferencia (XXIV IEA/AIE, 28 Junio al 1 Julio 2011, Nueva York, Estados Unidos).
2. Arredondo, T., Candel, D., Leiva, M., Dombrovskaia, L., Agullo, L., y Seeger, M.: "Inference System Using Softcomputing And Mixed Data Applied In Metabolic Pathway Data-Mining", publicado en el International Journal of Data Mining and Bioinformatics (IJDMB), Vol 6 #1, Ginebra, Suiza (Febrero 2012) p. 61-85 [DOI:10.1504/IJDMB.2012.045539].
3. Leiva, M., Arredondo, T. Candel, D., Dombrovskaia, L., Agulló, L. Seeger, M., y Vásquez, F. "Feed-Forward Artificial Neural Network Based Inference System Applied In Bioinformatics Data-Mining". International Joint Conference on Neural Networks (2009) p. 1744-1749 [DOI:10.1109/IJCNN.2009.5178943]. Paper de Conferencia (IJCNN, 14-19 Junio 2009, Atlanta, Estados Unidos).
4. Arredondo, T., Vásquez, F., Candel, D., Dombrovskaia, L., Agulló, L., Córdova, M., Latorre-Reyes, V., Calderón, F., y Seeger, M.: "Dynamic Penalty Based GA For Inducing Fuzzy Inference Systems". Progress in Pattern Recognition, Image Analysis and Applications. Lecture Notes in Computer Science, Vol. 4756. Springer-Verlag, Berlín, Alemania (2007) p. 957-966 [DOI:10.1007/978-3-540-76725-1_99]. Paper Conferencia (XII CIARP, 13-16 Noviembre 2007, Valparaíso, Chile).
5. Arredondo, T., Seeger, M., Dombrovskaia, L., Avarias, J., Calderón, F., Candel, D., Muñoz, F., Latorre, V., Agulló, L., Cordova, M., y Gómez, L.: "Bioinformatics Integration Framework For Metabolic Pathway Data-Mining". Ali, M., Dapoigny, R.(editores): Innovations in Applied Artificial Intelligence. Lecture Notes in Artificial Intelligence, Vol. 4031. Springer-Verlag, Berlín, Alemania (2006) p. 917-926 [DOI:10.1007/11779568_98].

Memorias y Tesis:

• Memorias:

1. Vásquez, F.: "Algoritmo genético de entrenamiento para un sistema de inferencia difusa aplicado a la Bioinformática", Universidad Técnica Federico Santa María, Valparaíso, Chile (2006) p.1-63 [Enlace].

• Tesis:

• Magíster:
1. Ormazábal, W.: "Framework de meta-aprendizaje y aplicación en redes sociales y bioinformática", Universidad Técnica Federico Santa María, Valparaíso, Chile (2011) p.1-100 [Enlace, Pdf].
• Doctorado:
1.  Latorre, V.: "Reconstrucción metabólica de compuestos aromáticos y estres oxidativo generado durante la degradación de bifenilo en Burkholderia xenovarans LB400 y sus potenciales aplicaciones biotecnológicas", Universidad Técnica Federico Santa María y Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, Programa Conjunto de Doctorado en Biotecnología, Valparaíso, Chile (2008) p.1-119 [Enlace].

Prensa y Medios:

1. Universia: http://noticias.universia.cl/ciencia-nn-tt/noticia/2005/10/19/336678/innovador-software-apoya-tareas-bioinformatica-genetica-desarrollan-alumnos-universidad-santa-maria.html
2. Aclantis: http://www.aclantis.com/se-viene-la-xiv-feria-de-software-a-la-usm-imp12006.html
3. Mundo en Línea: http://www.mundoenlinea.cl/noticia.php?noticia_id=4464&categoria_id=41
4. Feria de Software: http://www.feriadesoftware.cl/~cellcore (sitio web no vigente).
5. Valparaíso Tecnológico: http://www.valparaisotecnologico.cl/index.php?option=com_content&task=view&id=378&Itemid=42 (sitio web no vigente).
6. UES: http://www.ues.cl/portal/agenda/agenda.php?id=492 (sitio web no vigente).
7. Bureau de Prensa: http://www.bureaudeprensa.com/es/view.php?site=bureaudeprensa&bn=bureaudeprensa_educ&key=1129645304&first=1129657878&last=1129394427 (sitio web no vigente).

Update 25/08/2012: Última actualización de enlaces (varios caídos o rotos). Se agregan fuentes y publicaciones.